Universitas HKBP Nommensen (UHKBPN) didirikan oleh Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) pada tanggal 7 Oktober 1954. Kata "Nommensen" pada UHKBPN diambil dari nama salah satu missionaris yang memberitakan Kristus ke Tanah Batak yaitu Dr. I. L Nommensen. UHKBPN yang seluruh kegiatannya didasarkan pada kasih kristani mempunyai tujuan, visi, misi, falsafah dan motto.
Fakultas termuda adalah Fakultas Kedokteran UHKBP dengan izin operasional FK UHKBPN diterbitkan Dirjen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan RI No.2133/D/T/2008 pada tanggal 11 Juli 2008.
Sebenarnya HKBP dan Yayasan UHKBPN telah lama bercita-cita mendirikan fakultas kedokteran, namun karena sesuatu hal baru pada kepengurusan Yayasan UHKBPN Periode 1999 -2003 Ketua Badan Penyelenggara Yayasan UHKBPN Bapak St T.S.H. Sidabutar, SH membentuk Tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran UHKBPN sesuai dengan SK Badan Penyelenggara Yayasan Universitas HKBP Nommensen No.109/SK/BP-UHKBPN/IX/2001 sebagai berikut :
1.      Prof. dr. Gani W. Tambunan, sebagai Koordinator
2.      Prof. Dr. dr. H.R.S.P. Sinaga, sebagai Anggota
3.      dr. T. M. Panjaitan, SKM, sebagai Anggota
4.      Prof. DR. Harlem Marpaung, sebagai Anggota
Untuk melengkapi Panitia Persiapan ini, maka Prof. Dr. dr. Pandapotan Panjaitan, SpFK diikutsertakan sebagai sekretaris Panitia Persiapan.
Tim Persiapan pembukaan FK UHKBPN mempersiapkan proposal pendirian FK-UHKBPN. Pada tanggal 01 Mei 2003 proposal tersebut disampaikan kepada DirJen Dikti dengan surat No. 235/Pn-UHKBPN/D/III/2003. Pada akhir tahun 2003, kepengurusan Yayasan UHKBPN periode 1999 - 2003 telah berakhir, dan izin pembukaan Fakultas Kedokteran UHKBPN belum dapat diperoleh.
Pada tahun 2004  Ephorus HKBP menetapkan Susunan Pengurus Yayasan UHKBPN untuk periode 2004 - 2008.
Ketua Yayasan UHKBPN Periode 2004 - 2008 Bapak Jenderal TNI (Purn) Luhut B Panjaitan, MPA menetapkan salah satu Prioritas Program Pengurus adalah mendirikan Fakultas Kedokteran.
Sehubungan dengan perubahan Tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran UHKBPN oleh karena berakhirnya masa Bhakti di Yayasan UHKBPN dan sehubungan dengan  meninggal dunia Prof. DR. Dr. H.R.S.P. Sinaga dan Prof. DR. Dr. Pandapotan Panjaitan, SpFK.
Ketua Pengurus Yayasan periode 2004 - 2008 menetapkan Susunan personalia Tim Persiapan Pendirian Fakultas Kedokteran UHKBPN sebagai berikut :
Ketua                                    : Prof. dr. Gani W. Tambunan, SpPA(K)
Sekretaris                              : dr. Reinhart Tampubolon, MPH
Anggota                                : Prof. Dr. Bistok Saing, SpA(K)
                                                dr. Victor Tobing, DAHK
                                                dr. Betthin Marpaung, SpPD-KGEH
                                                dr. T.M. Panjaitan, SKM
                                                dr. Gerben F. Hutabarat, DTM&H, MSc, SpMK
Setelah Tim menyempurnakan proposal yang lama, Ketua Pengurus Yayasan UHKBPN bersama tim melakukan konsultasi dan mengajukan proposal dimaksud kepada Dirjen Dikti RI.
Sementara itu, Dirjen Dikti mengeluarkan ketentuan mengenai Sistem Pendidikan pada Program Studi Pendidikan Dokter yang diubah menjadi pendidikan dengan Kurikulum Berbasis Kompetensi dengan metode pembelajaran berdasarkan masalah (Problem Based Learning). Dengan demikian tim persiapan segera mempersiapkan proposal baru sesuai dengan ketentuan yang ditetapkan oleh Konsil Kedokteran Indonesia, dimana pendidikan dokter di Indonesia harus memenuhi Standar Pendidikan Profesi Dokter dan Standar Kompetensi Dokter.
Pada Bulan Oktober 2006, Dirjen Dikti memberitahukan bahwa usulan pembukaan Program Studi Dokter di UHKBPN dapat dikonsultasikan dengan Konsil Kedokteran Indonesia (KKI). Tanggal 08 Oktober 2007 Ketua Pengurus Yayasan UHKBPN bersama dengan Tim Persiapan mengadakan konsultasi dengan KKI serta menyerahkan perbaikan proposal yang disusun berdasarkan KBK. KKI menjanjikan akan mengirim tim untuk melakukan visitasi di Medan pada bulan Januari 2008 untuk menilai kesiapan pendirian Program Studi Pendidikan Dokter UHKBPN.
Sejak November 2007 sampai Januari 2008 Tim Persiapan Pendirian Program Studi Pendidikan Dokter UHKBPN bersama dengan Rektor UHKBPN melakukan persiapan-persiapan dalam pengadaan sarana dan prasarana yang diperlukan untuk penyelenggara Program Studi Pendidikan Dokter, seperti pengadaan gedung kuliah, ruang tutorial, skills lab, laboratorium, perpustakan, tenaga pengajar, kurikulum dan administrasi.
Pada tanggal 6 dan 7 Mei 2008 Tim Visitasi dari Konsili Kedokteran Indonesia yang terdiri dari Prof. Dr. Lukman H. Makmun, SpPD-KKV, Prof. Dr. Qomariah M.S, PKK, AIFM, Prof. DR. Dr. M.K. Tadjudin melakukan evaluasi terhadap seluruh persyaratan akademik dan administratif. Tim menyimpulkan bahwa persiapan terhadap semua ketentuan akademik dan administrasi telah sesuai dengan standard yang telah ditetapkan KKI.
Berdasarkan hasil evaluasi tersebut KKI menerbitkan rekomendasi No. KKI 02.01.01/VI/853 pada tanggal 16 Juni 2008.
Dengan telah terpenuhinya semua persyaratan yang telah ditetapkan baik oleh Konsili Kedokteran Indonesia maupun oleh Dirjen Dik RI, maka pada tanggal 11 Juli 2008 Dirjen Dikti menerbitkan Surat Keputusan No. 2133/D/I/2008 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter Jenjang Program Sarjana (S-1) pada Universitas HKBP Nommensen Medan.
Setelah terbitnya izin tersebut, Fakultas Kedokteran UHKBPN secara resmi menerima mahasiswa pada Tahun akademik 2009/2010. Untuk tahun akademik 2009/2010 diterima 50 orang mahasiswa, dan tahun akademik 2010/2011 juga diterima 50 orang mahasiswa, sehingga pada saat ini jumlah total mahasiswa di FK UHKBPN adalah sebanyak 50 orang mahasiswa.